水环境生态系统不完善
、水生植物水生动物系统薄弱等问题则进一步加剧了该问题。多数河流湖泊由于生态系统的不健全造成水体自净能力不足，抗污染负荷能力弱
，因此一定时间后引发了一系列的环境问题进而影响水质。

水生态系统构建是指通过利用微生态系统修复技术，对水体中污染物进行转移
、转化及降解，从而使水体得到净化，创造适宜多种生物生息繁衍的环境
，重建并恢复水生生态系统。首先通过调节水体微生态系统
，刺激和加速土著微生物迅速繁殖，激发土著微生物的活性，对水体内微生态系统进行人为干预引导
。其次在水体主要水质指标提升到一定的范围，并且水体的微生态菌群达到相对稳定的时候，水体的水质保持除了需要日常的生物维护以外
，还需要采用生态措施进一步恢复水体的生态系统
，以确保水体的水质能够长期维持
，并且能够逐步提升水体的自净能力
，从而达到水体生态多样性的进一步恢复。

水生态系统构建以“控源截污、内源治理
、生态修复”为核心技术路线，对水环境进行综合整治，打造健康水生态系统。

1、控源截污

针对不同河道情况提出专业的截除方案
。
针对没有接入市政管网的污水，短时间内无法截除，只能排入河道
，则使用特有的一体化污水处理设备来解决。

2、内源治理
针对不同的河道底泥情况，清除底泥的方法主要有物理清淤和生态清淤
。
物理清淤主要是使用挖机、吸泥船等物理设备将底泥移除
。
生态清淤主要是进行原位治理，利用生物制剂降低底泥中的有机质含量及含水率。

3、生态修复
主要通过微生态系统的修复技术
、水生动植物（纳污生态浮岛
、沉水植被
、人工湿地等）、曝气增氧等技术综合治理来削减水体的污染负荷、恢复健康的水生态系统和水体自净能力
。水体完整的生态系统建立后再对其进行后期运营维护
，从而达到长治久清的目的
。